Heatmap: Cluster_72 (Brachypodium distachyon HCCA coexpression clusters - v0.2 (X-meeting 2023))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
sid-dev (Zhang et al., 2022)
wt-dev (Zhang et al., 2022)
untreated (Thomas et al., 2018)
treated - synthetic auxin (Thomas et al., 2018)
untreated (Wang et al., 2019)
mowed (Wang et al., 2019)
time point 1 (Ogden et al., 2020)
time point 2 (Ogden et al., 2020)
time point 3 (Ogden et al., 2020)
time point 4 (Ogden et al., 2020)
-7.42 -7.04 0.02 1.17 -0.11 0.29 -0.92 0.04 -0.35 1.16
-6.73 -8.29 -1.3 1.45 0.44 0.25 -0.68 -0.3 -0.17 0.98
-2.53 -2.67 0.22 0.49 0.27 0.27 -0.33 0.1 0.28 0.69
-1.02 -0.78 -1.4 1.22 0.41 -0.03 -1.11 -0.5 -0.04 0.82
-1.25 -1.27 0.26 0.66 0.27 0.24 -0.12 0.06 -0.04 0.09
-1.01 -0.95 0.3 0.45 0.24 -0.23 0.12 0.11 0.06 0.19
-2.78 -2.65 0.2 0.64 -0.13 0.05 0.09 0.2 0.53 0.46
-0.81 -0.8 0.22 0.49 0.6 -0.29 -0.28 -0.05 -0.0 0.24
-2.02 -2.26 -0.63 0.72 0.33 0.52 0.21 0.22 0.15 0.17
-1.5 -1.22 -0.03 1.12 0.31 0.28 -0.23 -0.28 -0.22 0.11
-1.29 -1.03 0.17 0.31 0.07 -0.22 0.28 0.39 -0.12 0.45
-2.31 -2.1 0.4 1.78 -0.81 -0.09 -0.17 -0.23 -0.7 -0.08
-3.65 -3.92 0.01 1.66 0.01 0.15 -1.24 -0.24 -0.38 0.61
-3.15 -3.51 -0.89 1.33 0.22 0.11 0.03 0.1 0.27 0.26
- - -0.04 1.62 0.32 0.7 -1.66 -0.4 -0.21 0.19
-4.35 -5.1 0.08 1.07 0.39 -0.14 -1.25 -0.33 -0.29 1.32
-1.85 -1.78 0.07 0.72 -0.32 0.13 0.0 -0.11 0.41 0.67
-6.8 -4.79 0.57 1.7 0.25 0.52 -0.62 -0.61 -0.81 -0.5
-3.09 -3.09 0.72 1.56 0.16 0.28 -0.93 -0.46 -0.59 -0.11
-0.8 -0.3 -0.1 1.06 -0.32 0.26 -0.22 -0.09 -0.27 -0.07
-1.67 -1.56 0.02 0.51 0.06 0.07 0.08 0.24 0.44 0.29
-3.79 -3.68 0.01 1.41 0.1 -0.38 -0.56 0.01 -0.35 0.91
-1.59 -1.57 -0.43 1.33 0.25 -0.01 -0.4 -0.15 0.19 0.14
-1.05 -0.98 0.39 0.78 -0.0 0.26 -0.37 -0.21 -0.27 0.39
-2.45 -2.21 0.05 0.69 0.66 0.17 -0.53 0.1 0.11 0.49
-1.34 -4.5 -0.07 1.24 0.24 -0.48 -0.66 -0.26 0.38 0.66
-2.69 -2.54 -0.42 1.44 0.56 0.65 -0.97 -0.86 -0.13 0.26
-3.01 -2.85 0.54 0.87 0.55 0.14 -1.13 -0.43 0.1 0.69
-1.46 -1.08 -0.01 1.03 -0.02 -0.23 -0.14 0.1 -0.18 0.51
-4.29 -3.63 -1.92 2.59 -1.1 -0.95 -0.99 -1.57 -1.3 0.44
- - 0.73 1.92 -0.26 0.24 - -2.58 0.24 0.27
-2.71 -2.36 -0.2 1.9 0.09 0.04 -1.14 -0.85 -0.71 0.43
-1.1 -1.13 -0.09 1.23 -0.14 -0.05 0.03 0.04 -0.18 -0.03
-0.91 -0.96 0.39 0.8 -0.0 -0.11 -0.35 -0.01 -0.12 0.36
-1.99 -1.6 -0.26 0.64 0.27 0.1 -0.21 0.32 0.15 0.6
-3.11 -2.48 0.28 0.67 0.23 0.45 -0.74 -0.12 0.26 0.72
-0.79 -0.88 0.07 0.42 0.27 0.08 0.02 -0.03 0.1 0.22
-3.33 -3.71 0.56 1.53 0.02 0.47 -1.87 -0.49 -0.26 0.31
-4.86 -3.87 0.03 1.03 0.13 0.56 -0.7 0.04 -0.56 0.97
-3.57 -2.87 0.71 1.49 0.05 -0.01 -1.04 -0.42 -0.36 0.38
-0.88 -0.85 0.13 0.88 0.24 0.19 -0.4 -0.04 -0.56 0.3
-5.72 -5.76 -0.83 1.37 0.34 0.37 -1.16 -0.32 0.32 0.82
-1.62 -1.54 0.07 1.68 0.2 0.26 -0.91 -0.56 -0.96 0.02
- - -0.02 1.72 0.05 0.21 -0.24 -0.09 -0.56 0.1
-3.35 -3.0 -0.47 0.98 0.3 0.68 -0.71 -0.72 -0.37 1.18
-3.17 -4.56 0.31 1.21 0.48 0.11 -0.34 -0.92 0.26 0.38
-0.88 -0.82 -0.82 1.56 0.36 0.09 -0.89 -0.5 -0.39 0.04
-3.12 -3.05 0.06 0.91 0.36 0.63 -0.31 -0.01 -0.32 0.5
- - - 1.91 0.06 1.55 - -3.44 -1.47 0.86
-5.62 -4.62 0.99 2.1 -0.56 -0.97 -3.96 -1.84 0.27 -0.11
- - -1.06 2.71 0.53 -0.45 - -1.05 - -1.57
- - -1.28 2.36 -1.29 0.49 0.89 - -1.46 -1.22
-8.29 -7.46 -0.65 1.85 0.5 1.25 -2.86 -2.43 -1.14 0.26
-0.78 -0.83 0.23 0.93 0.18 0.16 -0.49 -0.32 -0.18 0.17
- - -0.24 1.17 0.23 -0.08 0.28 0.4 0.44 -0.15
-3.56 -4.16 0.24 1.14 -0.18 -0.01 -0.32 0.28 -0.14 0.74
-5.41 -5.34 -0.02 0.9 1.3 -0.1 -0.58 0.07 -0.09 0.07
-4.64 -5.19 -0.78 1.87 -0.35 0.04 -2.56 -0.94 -0.1 1.18
-4.63 - -1.05 1.31 0.15 1.36 -1.27 -0.81 -2.3 1.09
-0.62 -0.6 -0.18 0.35 0.19 0.28 -0.01 0.07 -0.04 0.21
-2.09 -3.27 0.49 1.5 -0.03 -0.26 -0.86 -0.18 -0.04 0.28
-1.7 -1.68 -0.02 0.74 0.38 0.19 -0.38 -0.15 0.21 0.54
-1.47 -1.44 0.11 0.65 0.01 -0.02 -0.03 0.16 0.34 0.34
-2.72 -3.13 -0.08 1.88 -0.12 0.28 -0.88 -0.78 -1.36 0.54
-0.73 -0.76 0.09 0.5 0.21 0.32 -0.48 0.08 -0.03 0.23
-3.37 -3.8 -2.73 1.7 0.1 -1.12 -1.92 0.06 0.39 1.19
-1.88 -1.89 0.32 0.85 0.0 0.13 0.14 0.12 0.14 0.03
-1.7 -1.6 0.05 1.42 0.2 0.36 -0.37 -0.38 -0.51 -0.04
- -7.73 -1.91 1.79 0.22 0.39 -2.76 -0.41 -0.03 0.93
-0.92 -0.68 0.5 1.05 0.21 0.35 -0.26 -0.67 -0.59 -0.34
-10.64 - -0.06 2.16 0.77 -0.02 -2.39 -1.33 -1.54 -0.09
-3.65 -3.59 0.56 0.95 0.12 0.39 -0.63 0.0 0.02 0.45
-1.07 -0.82 -0.16 1.2 -0.09 -0.04 -0.11 -0.18 -0.24 0.26
-5.38 -4.85 -0.36 1.95 -0.02 0.76 -1.24 -1.87 -0.58 0.32
- - 1.08 1.65 -0.27 -2.67 -0.43 0.52 -0.46 -0.21
-3.44 -3.0 0.3 1.57 -0.02 0.26 -0.9 -1.06 -0.15 0.57
-2.36 -3.94 - 1.53 0.01 0.04 -0.43 0.5 0.13 0.66
-0.81 -0.55 -0.29 1.4 0.42 0.54 -1.26 -1.0 -1.09 0.17
-3.46 -2.3 0.18 1.62 0.3 -0.04 -4.11 -0.37 0.33 0.27
-3.38 -3.27 0.09 1.16 0.22 0.53 -1.31 -0.49 0.43 0.51
-3.69 -3.58 0.57 1.33 0.25 0.51 -0.78 -0.15 -0.42 -0.01
-0.05 -0.03 -0.49 1.34 -0.18 -0.14 -1.35 -0.78 -0.5 0.41
-2.95 -3.11 0.76 1.72 0.34 0.02 -0.77 -0.96 -0.86 -0.26
-2.5 -2.32 -0.38 1.57 -0.07 0.15 -0.18 -0.42 -0.21 0.42
-3.62 -4.15 0.14 2.29 -0.87 -0.79 -1.27 -1.07 -1.05 0.45
-5.94 -6.06 -1.75 2.04 -0.55 -0.45 -0.81 -0.41 0.0 0.87
-6.96 -6.13 -1.44 1.54 0.56 0.2 -1.3 -0.14 0.17 0.72
-0.54 -0.61 0.06 0.31 0.42 -0.37 -0.07 -0.09 -0.07 0.5
- - 1.02 2.32 -0.69 -0.26 -3.18 -1.95 -1.13 -0.54
- - -1.22 1.9 0.2 1.85 - -4.47 -1.65 -0.46
-6.3 -6.71 0.32 2.11 -0.4 -0.42 -0.81 -0.61 -0.84 0.16
-2.13 -2.37 -0.18 0.9 -0.22 -0.18 0.39 0.15 0.5 0.31
-1.08 -1.15 0.11 0.47 0.67 0.06 -0.21 -0.14 0.2 0.09
-6.2 - -1.1 1.97 0.19 0.68 -1.85 0.06 -1.02 0.07
-0.81 -0.49 0.19 0.69 -0.11 -0.23 -0.9 0.32 -0.09 0.54
-4.21 -4.31 0.12 1.58 -0.07 0.26 -0.53 -0.05 0.08 -0.08
-0.7 - - 1.59 0.08 0.55 - -0.62 0.62 0.73
-5.83 -5.5 0.34 1.19 -0.04 -0.38 0.03 0.11 0.37 0.36
-7.54 -6.12 0.49 2.28 -0.26 -0.68 -2.11 -1.33 -0.56 -0.05
-2.93 -2.43 0.02 1.74 -0.17 0.09 -0.52 -0.65 -0.5 0.42
-2.04 -2.06 0.05 0.89 0.48 -0.3 -0.12 0.1 0.13 0.43
-1.52 -1.49 -0.26 0.84 0.11 -0.01 -0.13 0.17 0.06 0.6
-0.67 -0.78 -0.16 0.83 0.16 0.3 -0.24 -0.1 0.08 -0.09
-3.45 -3.03 - 2.62 -0.84 0.57 - -2.36 -1.32 -0.02
-0.72 -0.37 0.01 1.25 0.22 0.22 -1.13 -0.53 -0.45 0.04
-6.33 -6.96 -0.18 0.82 0.17 0.07 0.1 0.62 0.22 0.46
-1.37 -1.43 0.33 0.69 0.21 0.11 -0.27 0.08 0.18 0.15
-7.87 -7.85 0.05 0.64 0.5 0.33 -0.07 0.41 -0.03 0.56
-4.82 -4.04 -0.29 1.35 0.87 0.38 -1.52 -0.94 -0.05 0.65
-5.99 -5.73 -1.7 1.86 -0.07 0.7 -1.41 -0.53 -0.12 0.56
-9.91 -9.49 0.57 1.43 0.16 -0.27 -0.41 -0.19 -0.39 0.57
-8.45 -7.89 -0.34 1.95 -0.58 -0.79 -0.58 -0.52 0.27 0.61
-5.0 -4.25 -0.15 1.35 -0.22 0.26 -0.42 -0.26 0.5 0.51
-0.76 -0.62 0.05 0.71 0.26 0.22 -0.41 -0.17 0.06 0.05
-2.19 -1.9 0.04 1.52 0.04 0.59 -0.63 -0.55 -0.57 0.12
-3.18 -3.04 -0.87 2.07 -0.42 0.24 -1.78 -1.66 -0.66 0.88
-0.96 -0.94 -0.44 1.51 0.23 -0.34 -1.17 -0.16 0.05 0.06
-1.34 -1.03 -0.21 1.03 -0.12 0.2 -0.23 -0.18 0.2 0.32
-3.88 -5.4 0.33 1.66 1.08 0.53 -2.18 -1.21 -1.07 -0.3
-2.43 -2.36 0.3 1.38 0.12 0.2 -0.25 -0.25 -0.34 0.1
-2.53 -2.52 0.46 -0.1 0.83 0.11 -0.78 -0.04 0.49 0.61
- -8.25 -3.48 1.88 0.23 0.27 -1.26 -0.23 -0.12 0.73
-2.02 -2.15 -0.67 1.37 -0.13 0.3 -1.19 -0.04 0.18 0.69
- - -2.27 2.46 -0.38 -0.49 -2.74 -1.0 -0.63 0.59
-0.65 -0.57 0.05 0.28 0.33 -0.19 0.05 -0.08 0.07 0.34
- - -2.29 2.55 -0.7 0.35 -2.55 -1.31 -0.75 -0.15
-2.33 -2.16 -1.15 1.62 0.27 0.04 -1.62 -0.35 -0.66 1.05
-1.0 -1.04 -0.64 1.67 -0.64 -0.4 -1.58 -0.06 0.58 -0.01
-1.31 -1.3 -0.32 1.89 0.07 0.21 -4.92 -1.0 -0.19 0.08
-3.47 -3.19 0.71 1.38 -0.06 -0.44 -0.96 -0.14 0.22 0.35
-2.75 -3.0 -0.39 0.62 0.28 0.38 -0.29 0.09 0.45 0.73
-3.55 -3.31 0.22 1.35 0.01 -0.68 -0.87 -0.42 0.36 0.92
-4.67 -5.84 -0.64 1.95 -0.09 0.28 -2.32 -0.04 0.01 0.14
-1.63 -1.49 -0.03 1.42 0.37 -0.05 -0.37 -0.37 -0.27 0.04
-1.42 -1.22 0.07 1.27 0.6 0.09 -0.95 -0.8 -0.09 0.17
-2.93 -3.01 -0.32 2.01 -0.19 -0.47 0.03 -0.66 -0.68 0.07
-6.48 -6.16 0.16 1.38 0.25 0.17 -0.81 -0.11 0.05 0.49
-0.62 -0.18 -0.52 1.04 0.46 -0.32 -0.59 -0.25 0.07 -0.03
- - -0.78 1.54 -0.5 1.03 -3.11 0.27 -0.34 0.73
-3.63 -3.32 -1.63 1.68 -0.17 -0.11 -0.92 0.03 -0.31 1.08
-8.36 -8.52 0.22 0.85 0.32 0.63 -1.15 -0.38 0.55 0.63
-3.8 - 0.67 1.71 -0.53 0.24 -2.0 -0.52 -1.13 0.84
-7.27 -6.23 0.84 1.38 0.19 -0.29 -0.86 -0.34 -0.7 0.74
-4.06 -4.13 0.51 1.43 0.05 0.13 -0.66 -0.15 0.01 0.14
- - -0.38 2.06 0.88 0.4 - -0.69 -1.08 -0.3
-4.68 -4.4 -0.63 2.21 -0.19 0.47 -1.23 -1.51 -0.94 0.1
-2.57 -2.14 -0.49 1.49 0.52 1.06 -2.03 -1.46 -1.13 0.59
- - -4.71 1.98 0.97 -0.26 -4.25 -1.3 0.16 0.72
-1.19 -1.07 -0.47 1.54 -0.07 0.13 -0.79 -0.87 -0.22 0.53
-1.64 -1.87 -0.07 1.71 0.3 0.23 -1.01 -0.91 -0.49 0.05
- - -2.72 2.3 -0.05 0.4 -2.22 -2.0 -0.6 0.61
-1.31 -1.14 0.39 0.58 0.18 0.17 0.06 -0.1 0.08 0.08
-0.56 -0.45 -0.09 0.51 -0.22 0.07 -0.1 0.11 0.24 0.14
-3.69 -3.12 -2.08 1.58 0.28 0.11 -0.99 -0.15 -0.09 0.96
-1.13 -0.89 0.21 1.14 0.18 0.44 -1.32 -0.15 -0.42 0.15
-1.42 -1.35 0.26 0.7 0.13 0.28 -0.39 -0.17 -0.23 0.68
- -8.41 0.75 1.17 -0.09 -0.07 -0.23 0.36 0.01 0.04
- - - 2.7 - - - - - 1.81
-1.2 -1.01 0.18 1.13 0.13 0.57 -0.78 -0.53 -0.38 0.18
-2.13 -2.05 0.15 0.77 0.28 0.29 0.23 0.02 0.01 0.12
-5.73 -6.34 1.15 1.63 0.22 0.07 -2.49 -1.25 -0.98 0.43
-1.61 -1.51 -0.36 0.83 0.39 0.44 -0.55 -0.31 0.08 0.63
-2.15 -1.88 -0.03 1.05 0.74 0.37 -0.71 -0.24 -0.17 0.21
-6.86 - -2.84 2.21 0.28 0.46 -2.92 -1.44 -0.02 0.21
-3.39 -2.73 0.04 1.98 -0.21 -0.31 -1.78 -1.19 -0.35 0.68
-3.26 -2.96 0.49 1.04 0.2 0.46 -0.35 -0.07 -0.11 0.18
- - -2.56 2.01 -0.61 -0.14 -2.03 -0.53 0.12 1.15
- - -0.08 2.02 0.91 0.6 -2.24 -1.38 -1.47 -0.61
-1.64 -1.75 -0.0 1.03 0.18 0.2 -0.58 -0.02 0.1 0.41
-3.08 -2.95 0.18 1.0 0.53 0.75 -0.51 -0.49 -0.22 0.29
-3.86 -3.72 0.72 1.34 0.06 0.31 -0.78 -0.11 -0.39 0.17
-2.83 -2.3 -0.1 1.13 -0.3 -0.29 0.04 0.19 0.32 0.57
- -7.31 -1.04 2.06 -0.22 0.37 -1.84 -1.05 -0.35 0.72
- -4.47 -3.89 2.49 -1.04 -0.42 -2.96 0.0 -0.67 0.37
-2.84 -2.8 0.23 0.77 0.1 -0.11 0.19 0.24 -0.01 0.61
-1.19 -1.41 -0.54 1.41 -0.01 0.22 -0.52 -0.42 0.03 0.28
-3.55 -3.11 -0.19 1.91 0.35 0.91 -3.45 -2.14 -1.54 0.44
-1.53 -1.39 0.07 1.55 0.13 -0.12 -1.11 -0.19 -0.86 0.46
-0.55 -0.46 -0.74 1.96 -0.19 0.22 -3.79 -1.01 -1.23 0.08
-2.79 -2.44 0.32 1.04 0.33 0.26 -0.22 -0.1 0.12 0.04
-6.45 -6.58 0.39 1.24 0.75 0.21 -0.66 -0.5 -0.93 0.67
-0.47 -0.59 -1.17 1.54 -0.23 -0.51 -0.15 -0.95 -0.25 0.54
-2.88 -2.93 -0.05 1.57 0.54 0.63 -1.69 -1.19 -0.51 0.43
-1.0 -0.87 0.1 0.89 -0.09 0.19 -0.05 -0.24 0.13 0.05
-2.8 -2.57 0.36 1.23 0.09 0.25 -1.02 -0.29 -0.17 0.69
-4.76 -5.83 -0.83 1.5 0.24 0.5 -1.76 -0.66 0.02 1.01
-7.27 -5.86 -0.01 1.59 0.13 -0.02 -0.34 0.1 -0.19 0.21
-1.55 -1.49 0.25 1.31 0.28 0.41 -0.61 -0.65 -0.4 0.06
- -7.88 -0.59 0.78 1.03 0.9 -1.61 -0.4 0.41 0.36
-3.47 -4.1 0.03 1.5 0.39 0.36 -0.17 -0.28 -0.43 -0.05
- -8.56 -0.49 2.05 -0.84 -0.63 -1.49 -0.32 -0.26 0.96
-1.73 -1.25 -2.14 1.48 -0.15 -0.03 -0.64 -0.0 -0.12 0.87
-1.77 -1.67 -0.07 1.41 -0.25 0.08 -1.16 -0.15 0.14 0.52
- - -0.84 2.54 -0.03 - - -1.23 -1.39 0.89
-1.29 -1.33 0.47 1.07 -0.05 -0.47 -1.08 -0.19 -0.14 0.82
-2.88 -2.54 -0.85 1.41 0.6 0.94 -0.56 -0.46 -0.68 0.03
-2.61 -2.34 -0.5 1.23 0.01 0.45 -0.81 -0.36 0.27 0.71
-1.09 -1.21 -0.18 0.44 -0.07 0.38 0.27 -0.24 0.18 0.51
-1.58 -1.76 0.55 0.23 -0.09 0.15 0.2 0.0 0.47 0.21
-1.39 -1.51 0.07 0.44 0.43 0.15 0.13 -0.16 -0.07 0.54
-1.36 -1.69 0.75 1.78 -0.54 0.93 -2.7 -2.02 -1.46 -0.27
-2.52 -1.47 0.77 1.69 -0.51 0.8 -0.76 -1.28 -1.47 -0.44
-7.4 -5.56 0.15 2.12 -0.06 -1.04 -2.46 -1.09 -0.51 0.79
-1.78 -1.53 -0.3 0.63 0.8 0.58 -0.56 -0.31 -0.1 0.44
-2.31 -2.43 0.22 0.78 0.26 -0.19 -0.17 0.2 0.02 0.69
-0.39 -0.44 0.06 0.7 0.05 -0.06 -0.48 -0.31 -0.03 0.41
-1.37 -1.24 0.15 0.91 0.26 0.32 -0.01 -0.37 0.06 -0.07

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.