Heatmap: Cluster_94 (Brachypodium distachyon HCCA coexpression clusters - v0.2 (X-meeting 2023))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
sid-dev (Zhang et al., 2022)
wt-dev (Zhang et al., 2022)
untreated (Thomas et al., 2018)
treated - synthetic auxin (Thomas et al., 2018)
untreated (Wang et al., 2019)
mowed (Wang et al., 2019)
time point 1 (Ogden et al., 2020)
time point 2 (Ogden et al., 2020)
time point 3 (Ogden et al., 2020)
time point 4 (Ogden et al., 2020)
-1.55 -1.33 0.7 0.32 0.04 0.14 -0.07 0.19 0.07 0.15
-1.41 -1.43 0.78 0.39 -0.02 0.18 -0.1 0.12 0.05 0.07
-1.55 -1.48 0.5 -0.37 0.32 0.44 0.12 0.12 0.3 0.14
-1.03 -0.93 0.48 0.09 -0.1 0.31 0.28 0.11 -0.03 0.11
-1.62 -1.43 0.69 0.35 0.23 0.33 -0.24 0.17 -0.03 0.05
-2.16 -2.0 0.99 0.54 -0.08 0.2 0.01 0.24 -0.1 -0.2
-2.08 -2.03 0.98 -0.1 -0.23 0.11 -0.02 0.63 0.05 0.16
-2.97 -3.12 0.63 0.37 -0.21 0.16 -0.1 0.69 0.15 0.36
-4.98 -5.74 1.5 0.25 -0.24 0.1 -1.12 0.24 0.14 0.35
-3.82 -4.53 1.55 -0.39 0.03 0.17 -0.18 0.29 0.34 -0.59
-2.45 -2.29 0.81 0.19 0.25 0.51 -0.34 0.23 -0.13 0.3
-4.9 -5.22 0.7 0.03 0.04 0.11 0.29 0.4 0.43 0.38
-2.07 -1.99 0.63 0.31 0.24 0.22 0.07 0.2 0.22 0.03
-0.62 -0.51 0.72 0.23 0.05 0.23 -0.05 -0.04 -0.3 -0.18
-1.76 -1.73 1.07 0.57 0.04 -0.11 -0.31 0.13 -0.28 0.19
-1.14 -0.77 0.82 -0.08 0.03 0.02 -0.16 0.17 0.28 -0.02
-3.45 -3.38 0.8 -0.32 0.55 0.31 -0.01 0.28 -0.01 0.45
-1.6 -1.56 0.77 0.16 0.05 0.14 0.13 0.13 0.15 0.11
-0.71 -0.6 0.6 -0.14 0.05 0.17 0.22 0.2 -0.15 -0.11
- - 1.06 -0.32 0.09 0.19 0.6 0.36 0.27 -0.14
-1.21 -1.11 0.66 0.25 0.12 0.03 -0.28 0.28 0.24 0.01
-1.02 -1.08 0.72 0.39 -0.27 -0.11 -0.01 0.13 0.06 0.27
-5.23 -5.07 1.0 -0.16 0.07 -0.04 -0.24 0.27 0.48 0.66
-2.4 -3.11 0.52 0.02 0.07 0.54 0.29 0.21 0.17 0.3
-1.97 -2.48 0.2 0.19 0.05 0.4 0.4 0.27 0.31 0.2
-5.29 -3.46 1.66 0.5 0.48 -0.18 -2.36 -0.2 -0.11 0.07
-2.76 -2.82 1.02 -0.37 0.37 0.67 -0.12 0.1 0.26 -0.25
-8.83 - 1.36 -0.87 0.07 0.14 -0.23 0.52 0.62 -0.13
-1.45 -1.25 0.6 -0.27 0.2 0.45 0.31 0.23 0.04 -0.13
- -5.91 0.83 -0.76 -0.33 0.93 0.25 0.43 0.04 0.44
-1.62 -1.3 0.65 0.48 0.42 -0.06 -0.42 0.09 0.06 0.2
-1.01 -1.1 0.51 0.36 0.06 0.42 -0.27 0.02 0.04 0.11
-5.98 -4.73 1.3 0.39 0.48 -0.02 -0.28 -0.26 -0.27 0.39
-1.19 -1.04 0.66 0.22 0.02 0.14 -0.15 0.04 0.22 0.16
-3.69 -3.82 1.03 -0.29 0.33 0.61 0.25 0.36 -0.0 -0.44
-1.97 -1.66 1.02 0.32 0.05 0.41 -0.51 0.06 -0.33 0.32
-3.8 -4.73 1.34 -0.07 0.24 0.56 0.31 -0.48 0.27 -0.74
-5.69 -7.05 1.34 0.55 0.18 0.23 -0.14 0.04 -0.2 -0.22
-1.18 -1.2 0.64 0.33 -0.05 0.11 0.05 0.11 0.06 0.14
-6.1 -3.63 1.37 -0.01 0.21 0.31 0.19 0.21 -0.01 -0.65
-0.95 -0.91 0.56 -0.11 0.37 0.11 -0.02 0.16 0.11 -0.02
-0.78 -0.8 0.33 -0.14 0.06 0.09 0.4 0.14 0.12 0.09
-1.93 -2.04 0.47 0.22 0.26 0.62 -0.11 0.18 0.19 0.02
-1.81 -1.82 1.05 -0.07 -0.21 0.03 0.11 0.36 0.16 0.05
-2.2 -2.24 0.57 -0.24 0.24 0.66 0.04 0.44 0.08 0.05
-1.99 -2.4 0.61 -0.37 0.15 0.24 -0.15 0.66 0.29 0.33
-0.83 -0.79 0.51 0.23 0.07 0.06 0.05 0.09 0.16 -0.08
-0.91 -1.09 0.34 0.45 0.27 0.3 -0.29 0.03 0.15 -0.03
-1.97 -2.04 0.59 0.93 0.32 0.22 -0.54 0.0 0.21 -0.26
-1.25 -1.28 0.9 0.52 0.1 -0.09 -0.04 -0.06 -0.01 -0.1
-1.4 -2.01 1.03 0.72 0.28 0.37 -0.56 0.0 -0.5 -0.33
-2.01 -1.54 0.75 0.04 0.37 0.61 -0.05 -0.01 0.03 -0.18
-2.64 -2.75 0.77 0.68 0.21 0.11 0.08 0.05 0.2 -0.15
-2.43 -2.24 1.18 -0.03 -0.23 0.22 -0.24 0.26 0.27 0.12
-1.19 -0.96 0.8 0.12 -0.13 0.3 -0.39 0.17 0.1 0.16
-2.21 -2.27 1.16 -0.71 -0.25 0.47 0.16 0.33 0.24 -0.09
-1.37 -1.32 0.78 0.08 0.09 0.19 0.13 0.24 0.07 -0.15
-3.01 -2.9 1.46 0.0 0.16 0.03 -0.29 -0.39 0.15 0.2
-3.09 -2.96 0.73 -0.46 0.39 0.58 -0.08 0.12 0.15 0.51
-3.63 -3.66 1.12 0.13 0.12 0.22 -0.3 0.07 0.06 0.5
-1.28 -1.04 0.92 0.09 0.18 0.23 -0.36 -0.02 0.27 -0.22
-1.54 -1.67 1.22 -0.82 -0.32 0.35 -0.12 0.41 0.31 -0.17
-1.78 -1.62 0.66 -0.38 0.17 0.26 0.03 0.49 0.36 0.0
-3.05 -2.97 0.88 0.03 0.11 0.41 -0.39 0.35 0.11 0.45
-3.16 -2.93 1.13 0.17 0.18 0.5 -0.09 0.25 -0.03 -0.35
-0.68 -0.67 0.63 0.3 -0.14 0.13 -0.02 0.05 0.09 -0.18
-0.45 -0.44 0.45 0.36 -0.06 0.04 -0.03 0.01 -0.04 -0.09
-0.98 -0.91 0.76 -0.11 0.22 0.44 -0.26 -0.01 -0.11 0.08
-2.16 -1.76 0.34 0.53 0.03 0.1 0.23 0.3 0.2 0.18
-2.77 -2.56 1.25 0.6 0.11 0.04 -0.53 -0.15 -0.13 0.23
-2.68 -2.5 1.32 -0.51 -0.07 0.62 -0.28 0.37 0.22 -0.49
-1.84 -1.91 0.97 0.54 0.28 0.55 -0.41 -0.45 -0.37 0.16
-1.06 -0.97 0.46 0.05 0.02 0.27 0.2 0.11 0.08 0.14
-0.78 -0.73 0.71 0.17 0.1 0.18 -0.1 -0.0 0.03 -0.16
-1.22 -0.84 1.05 -0.52 -0.08 0.38 0.09 0.01 0.01 -0.13
-1.59 -1.42 0.59 -0.01 0.01 0.15 0.37 0.13 0.11 0.26
-1.17 -1.1 0.3 0.28 0.27 0.11 0.18 0.13 -0.01 0.18
-1.07 -0.97 1.0 0.32 -0.47 0.28 0.5 -0.49 -0.15 -0.33
-1.27 -1.15 0.77 0.45 -0.01 -0.06 -0.17 -0.06 0.07 0.28
-1.83 -1.85 0.63 0.15 0.16 0.37 0.49 0.06 0.19 -0.36
-0.53 -0.6 0.44 0.35 0.03 0.19 -0.06 0.03 0.0 -0.19
-2.1 -2.28 0.95 0.13 0.1 0.4 -0.16 0.09 0.21 0.04
-2.87 -3.71 1.18 0.47 -0.04 -0.14 -0.32 0.38 0.27 -0.09
-6.27 -6.5 1.46 0.55 0.1 0.34 -0.63 0.14 -0.5 -0.04
-6.63 -6.42 1.05 0.54 -0.08 0.18 0.03 0.48 -0.04 -0.03
-1.35 -1.32 0.79 0.19 0.24 0.14 0.16 -0.0 -0.05 -0.03
-2.57 -2.57 0.86 -0.33 0.25 0.3 -0.06 0.43 0.38 0.03
-1.19 -1.09 0.73 0.28 0.09 0.2 -0.17 0.13 0.15 -0.14
-1.76 -1.93 0.98 -0.03 -0.12 0.07 0.35 0.29 -0.02 0.04
-1.42 -1.43 0.7 -0.42 -0.24 0.44 0.17 0.3 0.24 0.2
-3.59 -3.58 1.57 -0.99 -0.38 0.23 -0.46 0.5 0.29 0.06
-1.41 -1.2 0.55 0.25 0.03 0.02 0.26 0.07 0.31 0.02
-2.39 -2.31 0.8 0.12 0.19 0.53 -0.1 0.15 -0.0 0.21
-0.92 -0.84 0.47 0.23 -0.06 0.4 -0.01 0.06 0.11 -0.05
-1.59 -1.34 1.0 0.67 0.08 0.23 -0.27 -0.08 -0.1 -0.41
-1.08 -1.09 0.57 0.01 0.2 0.08 -0.06 0.27 0.31 -0.04
-1.38 -1.51 0.73 0.15 0.1 0.26 -0.07 0.31 0.02 0.03
-1.88 -2.28 1.14 0.31 0.1 0.02 -0.3 0.2 0.07 -0.02
-0.92 -0.94 0.36 0.25 0.25 0.21 -0.05 -0.04 0.1 0.16
-1.73 -1.44 1.0 -0.28 0.02 0.46 -0.01 0.19 0.11 -0.15
-1.26 -1.19 0.24 -0.58 0.16 0.5 0.12 0.36 0.32 0.18
-2.95 -2.84 0.96 0.54 -0.01 0.06 0.11 -0.09 0.14 0.23
-2.21 -2.24 0.86 0.15 0.17 0.17 -0.02 0.11 0.21 0.23
-3.42 -3.42 1.33 -0.32 0.28 0.44 -0.34 0.13 0.26 -0.25
-0.9 -0.86 0.22 -0.09 -0.16 0.23 0.25 0.21 0.32 0.19
-1.03 -0.84 0.62 0.12 -0.07 0.22 0.16 0.2 -0.05 -0.04
-2.44 -2.0 1.08 0.07 0.37 0.31 -0.27 -0.0 0.05 0.01
-0.97 -0.75 0.66 0.43 0.21 -0.11 -0.14 -0.12 -0.05 0.12
-2.08 -2.47 0.58 0.48 0.72 0.39 -0.3 -0.19 0.13 -0.08
-3.87 -3.81 0.91 0.75 0.38 0.43 -0.8 0.1 0.17 -0.18
-1.1 -0.98 0.34 0.0 -0.14 0.26 0.13 0.29 0.19 0.26
-1.2 -1.05 0.53 0.38 0.06 -0.0 -0.14 0.41 0.1 -0.01
-1.49 -1.39 0.88 0.76 -0.19 -0.34 -0.39 0.18 0.08 0.15
-1.68 -1.46 0.69 0.15 0.07 0.38 -0.05 0.15 0.21 0.03
-1.74 -1.57 0.52 0.13 0.01 0.26 0.27 0.2 0.23 0.14
-1.24 -1.3 0.72 -0.08 -0.13 0.35 0.09 0.2 0.08 0.17
-1.43 -1.47 0.63 -0.12 0.36 0.02 0.06 0.19 0.16 0.26
-0.78 -0.97 0.61 0.38 0.28 0.2 -0.1 -0.2 -0.03 -0.11
-1.69 -1.32 0.77 0.62 -0.13 -0.36 0.14 0.25 -0.04 0.13
-2.32 -1.91 0.61 0.33 0.37 0.26 0.17 0.04 -0.05 0.19
-0.62 -0.45 0.73 0.3 -0.16 -0.03 -0.12 0.09 -0.07 -0.13
-1.81 -1.4 0.8 0.47 0.03 0.09 -0.16 0.08 0.14 0.11
-1.81 -1.72 0.85 -0.1 0.1 0.07 0.17 0.29 0.33 -0.07
-3.18 -3.08 1.14 -0.36 0.2 0.61 -0.09 0.24 0.06 -0.06
-1.33 -1.41 0.65 0.09 -0.04 0.21 0.12 0.16 0.29 0.05
-0.88 -0.91 0.49 0.28 0.21 0.27 -0.05 -0.04 0.05 -0.04
-0.8 -0.72 0.21 0.39 0.08 0.1 0.0 0.17 0.09 0.04
-1.95 -1.93 1.07 0.0 -0.1 0.2 -0.07 0.29 0.08 0.1
-1.39 -1.44 0.83 0.43 0.17 -0.07 -0.44 0.27 0.05 0.09
-1.58 -1.47 0.82 -0.33 0.13 0.57 -0.12 0.19 0.16 -0.02
-2.04 -2.29 0.95 0.54 0.04 0.03 -0.58 0.05 0.26 0.28
-2.47 -2.32 0.82 -0.42 -0.04 0.29 0.21 0.51 0.23 0.21
-0.94 -0.92 0.57 0.15 0.18 0.17 0.28 0.06 0.04 -0.3
-1.05 -1.0 0.82 0.05 -0.22 0.03 0.18 0.2 0.14 -0.08
-0.65 -0.81 0.49 0.4 0.03 0.01 -0.04 0.06 0.08 -0.07
-1.98 -2.11 1.14 -0.39 0.19 0.13 0.21 0.36 -0.11 -0.08
-2.62 -2.7 1.32 0.23 0.25 0.25 -0.78 -0.13 -0.3 0.4
-2.3 -2.12 1.07 -0.11 -0.04 0.61 -0.19 0.08 0.03 0.11
-1.49 -1.48 0.36 -0.34 0.2 0.56 0.16 0.3 0.23 0.1
-0.66 -0.62 0.47 0.26 0.32 -0.17 -0.21 -0.1 -0.07 0.32
-1.66 -1.53 0.86 0.1 0.08 0.17 0.05 0.04 0.17 0.13
-1.42 -1.47 0.38 -0.14 0.09 0.35 0.16 0.35 0.22 0.23
-1.85 -2.02 1.09 0.31 -0.05 0.18 -0.07 0.15 -0.01 -0.09
-1.87 -1.61 0.65 0.29 0.23 0.49 -0.23 0.02 0.05 0.17
-2.02 -2.16 0.79 0.46 0.31 0.37 -0.28 -0.06 0.15 0.02
-2.25 -2.05 1.0 0.29 -0.1 0.38 -0.67 0.13 -0.05 0.48
-4.31 -4.43 0.57 -0.34 -0.08 0.34 0.2 0.73 0.3 0.47
-1.35 -1.36 0.4 0.18 0.53 0.13 0.13 0.22 -0.01 -0.03
-1.36 -1.09 0.69 0.5 0.17 -0.13 -0.2 0.11 0.14 0.03
-1.98 -1.99 1.16 0.47 -0.22 0.16 -0.44 -0.02 -0.01 0.25
-4.75 -7.24 1.22 -0.5 -0.65 0.13 0.21 0.78 0.39 0.02
-1.27 -0.95 1.05 0.3 0.23 0.03 -0.42 -0.13 -0.06 -0.05
-3.65 -3.91 0.6 0.39 0.79 0.46 -0.17 -0.06 0.07 0.02
-1.43 -1.54 0.48 -0.19 0.1 0.49 0.19 0.32 0.19 0.0
-2.43 -2.39 0.9 -0.54 0.18 0.75 -0.08 0.26 0.04 0.1
-7.56 -7.73 1.06 -0.52 0.12 0.49 -0.11 0.35 0.24 0.4
-1.34 -1.31 0.68 -0.02 0.5 0.1 -0.2 0.11 -0.0 0.23
-0.45 -0.45 0.52 0.3 -0.13 -0.06 0.05 0.01 0.04 -0.12
-3.12 -3.4 0.88 -0.27 -0.02 0.26 0.06 0.48 0.31 0.33
-1.8 -1.35 1.14 -0.04 -0.32 0.15 0.05 0.24 0.14 -0.13
-0.86 -0.88 0.32 -0.11 0.09 0.4 0.09 0.33 0.03 0.03
-2.11 -2.08 0.48 -0.29 0.25 0.36 0.34 0.39 0.12 0.25
-1.45 -1.32 0.44 -0.38 0.36 0.36 0.38 0.31 0.07 -0.08
-1.4 -1.36 0.95 0.23 0.35 0.37 -0.21 -0.34 -0.35 0.16
-2.17 -1.99 0.82 0.09 0.32 0.33 -0.39 0.2 0.03 0.34
-5.28 -6.03 1.8 -0.28 -0.28 -0.66 -0.76 -0.06 0.13 0.63
- - 1.52 -0.63 -1.6 0.46 -0.05 0.3 0.57 0.14
-5.34 -5.15 1.28 -0.03 0.42 0.4 -0.56 0.2 -0.08 0.17
-1.86 -1.54 1.01 0.24 0.08 0.24 -0.48 0.1 0.24 -0.02
-4.37 -4.54 1.33 -0.22 -0.06 0.33 -0.64 0.19 0.68 -0.08
- - 1.19 1.1 0.08 0.15 -0.57 0.09 -0.16 -0.37
-1.75 -1.35 1.19 -0.88 -0.21 0.41 -0.34 0.04 0.33 0.27
- -7.59 0.85 -0.26 0.62 0.23 -0.4 0.58 0.34 0.17
-1.3 -1.22 0.95 -0.45 -0.07 0.31 -0.04 0.21 0.22 0.02
-4.74 -4.34 0.62 -1.11 0.47 0.7 0.23 0.31 0.76 -0.3
-1.58 -1.98 0.34 -0.2 0.22 0.33 0.2 0.41 0.35 0.14
-1.13 -1.09 0.61 0.62 -0.32 -0.05 -0.22 0.29 0.24 -0.01
-6.7 -7.19 0.75 0.11 -0.43 0.19 0.88 0.42 0.07 0.15
-3.09 -4.43 1.12 -0.37 -0.29 0.76 -0.45 0.61 0.25 -0.09
-1.47 -1.59 1.27 0.5 -0.35 -0.06 -0.08 0.11 -0.01 -0.5
-2.79 -3.07 1.45 -0.48 0.37 0.65 -0.25 0.03 -0.27 -0.46
-6.83 -7.32 0.68 -0.89 0.47 0.72 0.5 0.54 0.03 -0.11
-2.18 -2.14 0.84 -0.12 0.15 0.16 0.2 0.24 0.25 0.13
-3.23 -3.13 1.44 -0.5 0.09 0.39 -0.03 0.19 0.01 -0.21
-1.81 -1.7 0.43 0.21 0.08 0.22 0.24 0.35 0.24 0.06
-0.73 -0.61 0.5 0.35 -0.08 -0.03 0.06 0.16 -0.01 -0.03
-2.06 -1.94 0.5 -0.45 0.27 0.6 0.24 0.22 0.41 -0.06
-3.16 -3.4 0.79 0.29 0.55 0.25 -0.35 0.33 0.08 0.12
-2.0 -2.14 0.96 -0.0 0.13 0.45 0.15 0.25 0.07 -0.39
-2.95 -3.07 0.97 -0.73 0.09 0.76 0.0 0.25 0.35 -0.06
-2.29 -2.2 0.62 0.45 -0.09 0.15 -0.07 0.26 0.21 0.38
-1.12 -1.07 0.8 0.26 -0.41 0.48 0.22 -0.04 0.03 -0.29
-2.95 -3.29 1.01 0.33 0.4 0.13 -0.17 0.11 -0.23 0.34
-1.08 -1.03 0.27 -0.19 0.09 0.34 0.3 0.27 0.1 0.15
-6.24 -5.56 0.97 0.49 -0.07 0.37 -0.3 0.3 0.38 0.04
-1.44 -1.31 0.61 0.1 0.09 0.25 0.16 0.08 -0.12 0.36
-3.3 -4.0 1.18 0.57 0.17 -0.26 -0.25 0.06 0.2 0.12
-1.05 -0.94 0.87 0.1 0.05 0.23 0.03 0.1 -0.18 -0.12
-1.13 -1.08 0.56 -0.03 0.17 0.29 0.15 0.24 0.3 -0.41
-3.61 -4.22 1.04 -0.22 -0.13 0.39 0.16 0.54 0.16 0.04
-2.37 -2.14 0.75 0.3 0.78 0.31 -0.19 -0.01 0.04 -0.28
-2.67 -2.46 0.74 -0.05 0.2 0.32 0.31 0.26 0.31 -0.07
-0.69 -0.57 0.62 -0.14 0.12 0.3 -0.24 0.08 -0.1 0.14
-2.3 -2.25 0.87 0.67 -0.01 0.04 -0.14 0.14 0.07 0.11
-3.45 -3.25 1.55 -0.39 -0.12 0.56 -0.69 0.09 -0.01 0.05
-4.19 -3.94 1.87 -0.58 0.01 0.06 -0.97 -0.27 0.22 0.0
-1.03 -1.19 0.83 0.39 0.06 0.02 -0.34 0.09 0.17 -0.08
-0.71 -0.55 0.63 0.07 -0.03 0.23 -0.21 0.12 -0.21 0.18
-1.2 -1.15 0.57 0.4 -0.01 0.32 -0.11 0.16 0.17 -0.15
- -10.84 1.32 -0.73 0.49 0.76 -0.18 0.17 -0.23 -0.09
-0.96 -0.94 0.38 -0.31 0.18 0.12 0.33 0.23 0.1 0.17
-2.11 -1.95 1.06 -0.18 -0.1 0.37 -0.11 0.21 0.22 0.09
-3.17 -3.21 1.23 -0.5 0.18 0.33 -0.47 0.39 0.44 -0.08
-2.13 -2.09 0.65 -0.05 0.58 0.34 -0.23 0.35 0.31 -0.19
-6.94 -5.69 1.17 -0.84 -0.71 0.61 -0.15 1.03 0.0 0.11
-1.0 -1.04 0.78 0.31 0.21 0.27 -0.32 -0.09 -0.21 0.12
-2.34 -2.46 0.57 0.15 -0.05 0.38 0.2 0.16 0.19 0.44
-1.0 -1.02 0.26 0.01 0.11 -0.06 0.28 0.3 0.11 0.32

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.