1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_39 (Sorghum bicolor HCCA coexpression clusters - Leiboff and Hake (2019))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
stage A1 (Dhaka et al., 2020)
stage A3 (Dhaka et al., 2020)
M-81E strain-control (Sun et al., 2020)
M-81E strain-salt (Sun et al., 2020)
Roma strain-control (Sun et al., 2020)
Roma strain-salt (Sun et al., 2020)
root (Murray et al., 2022)
shoot system (Murray et al., 2022)
119 days old-Postflowering drought stress (Varoquaux et al., 2019)
84 days old-control (Varoquaux et al., 2019)
84 days old-Preflowering drought stress (Varoquaux et al., 2019)
35 days old-control (Varoquaux et al., 2019)
Dev Stage 3 (Leiboff et al., 2019)
Dev Stage 2 (Leiboff et al., 2019)
Dev Stage 1 (Leiboff et al., 2019)
Dev Stage 4 (Leiboff et al., 2019)
-2.51 1.53 -0.07 0.1 -0.77 0.46 1.76 -0.34 -1.2 -0.39 0.4 0.73 -2.53 -2.21 - -2.24
- 1.89 - - - - 0.11 -1.32 0.41 0.47 1.5 2.4 - - - -
- - -1.24 - 2.29 -0.26 3.11 -3.94 - - -0.53 -1.22 - - - -
3.79 1.11 - - - - - - - - - - - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.42 - - 2.41 - - - - - - - - - -
- - - 3.14 2.84 - - - - - - - - - - -
- 2.99 - 3.01 - - - - - - - - - - - -
- - 0.31 0.81 -0.74 0.71 2.91 -3.96 - - -1.15 1.45 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.87 -0.61 1.99 0.61 -0.61 - 0.64 - 0.73 1.21 - - - -
- - 3.07 - 1.18 1.06 - - 1.7 - - - - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.0 - - - - - - - - - - -
- - - -0.09 - 0.13 2.28 - - - 0.86 -0.83 - 0.37 2.44 -
-4.61 -0.72 - - - - - -0.7 2.85 2.91 - - - - - -
- 0.63 2.76 1.69 1.16 -0.19 -9.03 -4.98 -4.9 -3.67 -0.96 -0.51 - - - -
-5.49 2.53 -3.22 -2.62 -2.04 2.83 -4.99 -3.38 0.82 -2.14 -2.07 -2.3 -7.21 - - -
- 3.83 - - - - - - 0.86 - - - - - - -
1.87 2.94 -0.16 0.18 - - - - -0.58 -1.52 - - -1.83 -0.34 -0.86 -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- - 0.43 2.56 1.42 -1.11 1.58 -6.32 - - -1.98 -1.5 -1.75 - 0.23 -0.87
- 2.82 -1.0 1.1 0.31 1.11 1.23 - - - -1.86 -1.97 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-6.52 0.29 2.68 2.14 0.63 0.63 -3.51 -3.99 -5.04 -6.44 -2.28 -1.15 -7.15 - -6.18 -
- - 0.79 1.73 1.78 2.3 - - - -0.34 -0.7 -0.4 - -1.23 - -
0.65 3.82 - - - - - - - - - - - -1.63 - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.84 -0.24 -0.19 - - - - - -
1.65 - - - - - - - - - - - - 3.68 - -
- -5.71 2.05 1.71 1.67 2.09 - -5.25 -4.03 -2.55 -0.99 -1.37 - - - -
- 1.88 -1.78 - 0.16 -0.49 -2.45 - - - 0.9 2.93 -0.87 - - -
-1.69 3.97 - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.54 3.06 -1.11 0.46 - - - - - - - - - -
-9.15 1.32 0.21 0.26 1.23 2.12 0.26 -0.06 -4.86 - -0.43 0.55 -7.36 -4.76 -5.39 -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.21 1.91 2.12 1.83 - - -0.02 -0.96 -0.93 - - - - -
0.1 0.62 -4.07 - - - 2.96 0.13 - - - - -0.36 0.65 0.4 -0.29
- - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.59 - - - - - - 1.98 - - - - - - -
1.3 - 0.03 -0.37 1.16 0.91 1.04 -0.42 - - -0.62 -0.73 - 1.11 - 0.5
- 3.15 0.92 0.28 0.03 - - - 0.55 0.61 - - - - - -
- -2.81 2.37 2.59 0.26 1.79 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.15 - - - - - -4.25 2.9 2.64 - - - - - -
-2.16 -1.65 - - - - 2.83 2.66 - - - - - - - 1.0
- - 1.53 2.15 2.42 1.03 -1.01 -3.82 -2.75 -1.89 -4.66 -2.31 - -3.96 - -
- -3.58 2.2 2.32 1.99 1.18 - -7.9 -6.12 -6.07 -5.02 -6.13 - - - -
- - - - - - 0.16 -1.7 1.45 - 3.13 - - 1.64 - -
- - - - - 2.15 - - 3.2 1.25 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.66 - - 0.11 - - - - 2.62 2.49 - - - -
- - - -5.21 -8.22 -7.38 0.49 2.49 0.15 2.76 -1.95 -0.33 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 4.0 - - - - - - - - -
- - - - - 2.63 - - 2.25 1.3 1.36 - - - - -
- - - - - - - 2.23 3.5 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.93 -0.53 2.41 -0.89 - - - - -0.16 - - -0.07 - -
-0.42 2.12 - - - - -1.2 -1.22 2.08 - 0.17 1.07 1.37 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-7.4 -3.41 1.84 2.2 2.23 1.44 -5.43 - -8.04 -7.98 -3.17 -2.53 - - - -
- - -2.09 -2.75 -2.96 -3.12 2.17 1.4 - - - 2.3 - 0.31 -0.21 0.28
- - 0.97 1.35 0.76 1.32 -5.64 -8.64 - - 1.78 1.95 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.0
- - 1.67 2.52 1.51 -0.23 -1.87 -1.71 -2.2 0.8 -1.11 -1.8 - -3.56 - -
-2.43 -3.57 2.03 0.05 -1.26 0.59 -4.96 -0.4 1.43 1.42 -0.52 0.87 - - - -
3.16 2.82 - - - - - - - - - - - - - -
-6.81 -6.39 1.22 1.18 1.68 0.29 2.36 -3.7 -7.45 - -0.67 0.14 - - - -
- - - 0.78 2.63 0.58 2.05 1.31 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.0 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.62 - - 1.9 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
3.83 0.84 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 4.0 -
- - 0.67 -1.79 -1.02 -0.57 - - -1.52 - 2.82 2.47 - - - -
-7.55 - 1.25 1.37 -0.29 1.38 -3.33 -1.46 -1.1 0.34 2.11 0.14 - - - -
3.32 2.36 - - - - - -1.99 - - -1.81 - - -1.68 - -
3.59 1.98 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.93 - - - - -0.74 - - 2.02 2.91 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-8.12 - 1.86 0.72 1.6 0.86 2.0 -6.16 - - -2.2 0.71 - - - -
- - - - - - 0.57 3.37 - - - - - 2.06 - -
4.0 - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- 2.96 - - - 0.75 - - 1.95 1.43 - - - - - -
- - -1.87 - - - -1.7 1.24 - - - - 1.46 1.09 1.01 2.62
0.23 -1.89 -1.09 - - - - -0.49 - -0.4 - -0.47 0.81 1.71 2.78 -
-7.23 -6.81 0.93 1.65 1.13 0.86 -1.67 -4.53 0.34 -0.5 0.89 1.45 - - - -
- - 2.39 - - 3.43 - - - - - - - - - -
- 1.43 0.46 0.87 - - - - - - - - 3.34 - - -
- - - - - - 4.0 - - - - - - - - -
- -6.67 2.13 0.46 3.06 0.64 -2.73 -4.08 - - -4.79 -3.89 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.29 0.76 2.18 - - - - - - - - - -
-4.84 3.97 -4.03 -3.7 -3.58 -5.06 - - - - - - - - - -
-3.76 3.95 - - -3.78 -1.34 - - - - - - - - - -
- - - 3.36 - 2.41 - -1.21 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-11.52 - -2.32 -2.27 -2.96 -1.13 -0.27 -6.26 -3.62 -3.92 3.11 2.42 - - - -
- - 1.09 2.29 1.27 2.1 -0.42 0.2 - - -3.52 -3.63 - -4.43 - -2.46
-0.45 0.04 1.08 0.07 1.06 -0.88 0.93 -3.55 -0.24 -1.19 1.17 0.74 - 0.32 - -
- - - - - 3.84 - 0.73 - - - - - - - -
- 1.12 - - - - - - 2.67 2.76 -1.56 -1.49 - - - -
-5.49 -4.43 0.21 -0.81 2.99 2.32 -2.21 -5.25 - -6.79 -1.0 -1.46 - -5.38 -3.31 -6.22
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- - -0.32 1.01 0.81 1.45 - -0.97 1.57 0.89 -0.66 - 0.42 - - 0.47
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- -0.54 - - - - - -1.74 3.08 2.72 - - - - - -
1.44 1.79 2.89 - - - -0.37 0.71 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- -3.31 - - -2.48 3.97 - - - - - - - - - -
- - - - - - - 0.3 3.03 2.09 - - - 1.22 - -
- - 1.26 1.9 3.11 -0.12 -2.12 -6.89 - - -4.24 -4.34 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
4.0 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.76 1.3 - - - - - - -
- - -1.1 -1.16 1.13 1.36 2.34 1.26 -6.6 - 0.15 0.81 - - - -
-6.02 0.4 1.86 2.0 1.92 1.45 - -1.97 - - - - - -1.92 - -
- - - - - - - -0.36 1.96 1.02 - - - - 3.22 -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - 0.08 -1.17 3.52 0.05 -0.6 - - - - - 0.4 - - -
- - 1.77 - - - - - - - - - - - 3.65 -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.92 - - - - -0.15 - - - - - - - -
- 3.98 -4.91 -4.16 - -4.2 -7.17 - - - - - - - - -4.71
- - -4.02 -4.59 -3.81 -7.98 0.45 -7.09 - - 3.37 2.05 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
0.1 3.48 0.16 - -1.3 0.12 - - - - -0.76 -0.86 - - - -
4.0 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - -0.33 3.93 - - - - - - -
- - 1.21 -0.39 1.68 2.28 1.55 -7.28 - - -1.15 -1.07 - -0.49 -1.74 -
-3.65 -2.69 1.86 0.1 2.72 -0.27 -1.1 -1.63 - - -0.04 0.85 - -3.52 - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.