Heatmap: Cluster_21 (Sorghum bicolor HCCA coexpression clusters - Leiboff and Hake (2019))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
stage A1 (Dhaka et al., 2020)
stage A3 (Dhaka et al., 2020)
M-81E strain-control (Sun et al., 2020)
M-81E strain-salt (Sun et al., 2020)
Roma strain-control (Sun et al., 2020)
Roma strain-salt (Sun et al., 2020)
root (Murray et al., 2022)
shoot system (Murray et al., 2022)
119 days old-Postflowering drought stress (Varoquaux et al., 2019)
84 days old-control (Varoquaux et al., 2019)
84 days old-Preflowering drought stress (Varoquaux et al., 2019)
35 days old-control (Varoquaux et al., 2019)
Dev Stage 3 (Leiboff et al., 2019)
Dev Stage 2 (Leiboff et al., 2019)
Dev Stage 1 (Leiboff et al., 2019)
Dev Stage 4 (Leiboff et al., 2019)
- - - -0.15 1.9 -0.19 1.7 -5.5 0.25 0.78 1.37 -1.07 - - 0.34 -
- - - - 0.01 - - - - - - - - - 3.35 2.26
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
4.0 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.0 - - -
0.39 0.92 0.17 0.79 0.88 2.82 - - -3.42 - -1.32 -3.43 -1.09 - - -
- - - - - - - 4.0 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.89 1.63 2.46 1.61 -0.83 -9.62 - - -5.27 -4.37 - - - -
- - 2.8 - - 2.82 - 0.96 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
0.41 0.61 2.76 - - - - - 2.07 1.12 - - - - - -
- - - 4.0 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.0 - - - - - - - -
-3.48 -1.67 1.43 0.68 2.73 0.21 0.23 -2.28 -1.26 -1.21 -1.91 -0.43 - -3.38 - -2.41
- 3.13 2.16 - - - 1.48 - - - - - - - - -
-2.67 - - - 1.87 2.37 2.39 -1.05 - - -0.17 -1.28 - - - -
-7.27 -3.4 0.85 0.11 1.25 0.08 -1.39 -5.27 -0.99 -2.89 1.35 2.58 - - - -
- - 3.04 2.08 1.02 -0.37 -0.55 -7.92 - - -4.01 - - - - -
- - - - - - - 4.0 - - - - - - - -
-0.24 0.16 -0.5 -0.6 -0.2 0.35 -2.1 0.94 0.73 0.25 1.53 1.34 -9.3 -4.42 -4.62 -7.1
3.97 -4.44 - -5.59 - -4.37 -6.59 -5.98 - - - -5.36 - - -3.03 -
- - 2.16 0.8 1.2 1.98 -2.1 - - -1.34 0.29 0.76 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- -0.93 2.84 1.77 0.11 -0.08 -4.97 -4.02 -1.02 -2.01 -1.09 0.64 -6.56 - - -
-2.04 3.03 -0.27 -1.18 -2.54 -0.34 -0.0 -1.16 0.32 0.4 -1.7 -0.88 -2.43 -3.29 -4.03 -2.88
- - 2.82 3.16 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.57 - 2.03 - - - - - - - - -
-4.23 - 3.21 1.84 1.1 -1.47 - -6.97 - - -2.54 -1.33 - - - -
-0.28 - - - - - - 3.92 - - - - - - - -
- - -0.62 -0.92 0.06 0.68 -0.06 -3.0 -1.74 -1.5 2.73 1.92 - - - -
- - - - - 2.59 - - - - - 2.21 - 2.42 - -
- - - - - - - 1.48 - - - 3.72 - - - -
- -3.57 - - -4.21 3.99 - -6.05 - - - - - - - -
-2.2 3.9 -1.12 - - - - - - -1.45 - - - - - -
- - - - 3.51 1.9 -3.28 -0.72 - - - - - -2.79 - -
- - - - - 4.0 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-4.2 0.06 - - -4.12 - -4.91 2.15 2.04 2.62 - -3.61 - - - -
- - 1.58 2.33 0.71 2.66 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.0
2.24 - 1.06 - - - 0.39 2.21 - 1.7 - - - - - -
- 1.11 1.34 2.21 0.29 0.47 - -2.92 0.77 -0.17 -0.13 -1.24 - - - -
- -4.63 1.76 2.1 1.57 1.0 -4.69 - -1.1 1.22 -2.33 -1.85 - - - -
- - 4.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- -1.69 1.34 -0.57 - - -0.03 0.82 0.33 - 1.78 2.33 - - - -
- 1.21 - - 3.78 - - - - - - - - - - -
- - 2.23 2.02 1.29 2.26 - - - - - - - - - -
- - 3.07 - 1.17 1.07 - - - - - 1.69 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 3.05 2.95
2.42 2.68 0.82 0.68 - - - -4.68 - - - - - - - -0.21
- - - - 0.48 3.25 0.6 0.53 - - 1.07 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 3.45 2.35
2.09 - 1.98 1.31 0.11 1.27 - -2.09 - - 0.65 - - - - -
-5.66 - 2.73 1.69 2.23 0.33 -6.91 -8.17 - - -3.33 -4.66 - -7.01 - -
- -1.09 3.34 2.14 - -1.55 -0.6 - - - - - - - - -
- 1.9 0.11 - 2.49 - - -0.21 - 1.67 - 0.63 - - - -
- - - - 2.85 1.7 - -0.94 2.32 - - - - - - -
-4.47 -4.24 1.14 1.61 1.31 1.36 -0.87 -3.95 -0.99 -1.35 1.27 0.46 - - -1.71 -
-0.63 -0.06 -1.82 0.52 -1.69 1.61 - - - -1.18 2.76 - - - 1.07 -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-7.04 -0.91 -0.45 -1.71 -1.97 -2.51 2.41 -2.73 - - 2.41 1.69 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - -1.52 -1.49 -2.73 -3.85 3.56 -2.46 -1.21 -3.16 0.06 0.48 - -3.04 - -
-2.67 -1.22 0.09 -0.03 1.2 1.57 1.1 -0.26 -1.27 -1.5 1.14 0.59 -3.07 -2.26 -2.45 -2.75
- - - - - - - - - 4.0 - - - - - -
- - - - 3.19 0.74 - 1.39 - - - 1.36 - - - -
1.38 - 1.78 1.85 0.91 0.74 - -1.88 1.35 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 1.82 3.64 - - - - - - -
-0.59 -0.37 2.21 1.09 0.86 1.53 0.07 -3.95 - -0.58 -0.54 -0.65 - - - -
- - - - - - - - 4.0 - - - - - - -
- - - - - - - 2.03 - - - - 3.02 1.92 - -
-2.4 3.98 - - - - - - - - - - - - - -
- - -4.79 -5.65 -1.32 -2.2 3.92 -4.45 - - -5.66 -2.6 - - - -
- - 2.99 2.85 -2.64 -2.15 -2.25 -10.46 - - -2.64 -3.2 - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.0 - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 4.0 - - - - - - - - -
- - - - - - 3.15 - - - - 2.84 - - - -
- - - - - - - - 4.0 - - - - - - -
- - -0.27 0.85 1.76 2.99 -3.4 - - - -2.05 0.75 - - - -
- - - - 2.17 - - - - - 3.07 1.64 - - - -
- - 2.19 3.52 - - - - - - - - - - - -
- -3.98 -2.54 -3.0 - - 1.05 2.43 0.3 2.46 -0.84 -0.3 - - - -3.56
- - - - - - - - - - - - - - - -
- -4.03 -2.46 -2.13 3.74 0.75 -1.13 - - - - - - - - -
3.64 - - - - - - - - -4.07 1.09 0.44 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.0 - - - - - - - -
0.41 - 1.22 1.56 1.35 2.77 - - - - - - - - - -
- -1.56 2.17 2.1 1.99 0.01 -1.32 -2.01 - -2.18 -2.56 -1.67 -1.9 - -1.93 -
-7.73 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
2.45 2.51 0.0 0.05 0.09 -1.27 -1.43 -2.32 -4.06 -5.1 -1.72 -1.51 - - - -
- - -1.87 0.05 -0.16 -0.32 2.5 1.21 0.3 -0.64 0.38 0.87 - - - -
- - - - - - -5.91 1.22 -0.04 3.65 -3.91 - - - - -3.45
- -1.74 -1.26 0.07 -0.8 -1.89 1.76 -1.09 1.69 1.34 1.15 0.6 -4.63 - - -
-1.07 3.96 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-8.39 -4.39 0.38 0.62 3.09 0.63 -1.67 -2.4 -0.22 -0.61 -2.24 -0.34 - -10.23 - -
2.94 -3.11 -1.61 - 0.98 0.91 -3.28 -2.08 -0.05 0.01 -0.96 - - - 0.29 -
- - 1.28 1.64 1.77 0.03 2.17 -1.04 - - - - - - -0.89 -0.99
-4.26 - -0.3 -1.55 -1.53 -1.92 -0.23 2.09 2.91 0.07 -1.48 -2.9 - - - -
2.91 - - - - - - - - - - - - 3.09 - -
1.52 1.7 - - - - - - - 3.3 - - - - - -
- - 1.29 2.2 1.0 1.25 0.2 0.63 -0.14 - -0.05 - - - - -
1.51 3.64 - -1.39 - - - -3.83 - - - - - -1.92 - -
- - 1.28 2.03 2.28 2.12 - - -4.67 -4.04 -2.58 -5.69 - - - -
-2.96 - 2.15 2.48 -0.88 -1.59 -3.4 -4.62 - - - - -0.23 0.67 -0.25 0.65
- - - - - - - 2.99 - - - - - 3.01 - -
-8.36 0.65 -4.96 -3.58 -3.54 -1.99 -1.17 1.2 2.66 1.45 0.28 -0.07 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
0.89 0.61 - 0.27 1.23 - 1.27 -0.45 -0.84 1.2 1.62 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.17 2.8 - - - - - - - - - - - - -
3.98 -2.8 -5.99 - -5.45 - -8.24 - - - - - - - - -
-2.09 3.98 - - - - - - - - - - - - - -
- - -4.12 -5.36 3.15 0.87 2.33 -4.67 - - -5.02 -3.12 - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.0 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.09 - 2.9 - - - - - - - - - - -
-2.14 3.32 - - - - -1.01 -3.26 - -2.3 -1.68 2.06 - - -1.04 -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-0.95 - - - - - - 2.99 2.43 -0.25 - - -0.56 -0.65 - -
1.96 2.2 - - - - - - 1.79 - - - - 2.02 - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.0 - - - - - - - - - - - - -
4.0 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - -4.67 - - - -4.36 3.69 -4.04 -1.41 -0.77 0.99 - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- -6.0 0.89 1.53 1.86 -0.44 -1.52 -1.09 -5.06 -2.42 0.7 2.08 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.09 0.36 0.11 0.95 -0.92 -4.44 -0.12 0.22 2.18 1.25 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.0 - - - - - - - -
- 4.0 - - - - - - -7.44 -6.38 - - - - - -
- - 2.0 1.48 1.3 2.48 -4.76 -4.58 -1.7 -1.86 -2.82 -1.93 - - - -3.3
-5.53 - 1.27 1.37 0.81 1.18 -4.85 -4.24 1.34 1.67 -0.86 -0.72 - - - -
4.0 - - - - - - - - - - - - - - -
- - 0.21 0.56 0.92 1.51 0.12 -0.15 0.83 - - -0.19 - - - 1.99
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
-0.28 - -0.99 -1.47 -0.67 0.33 -2.15 -2.32 - - - -3.25 1.9 1.55 0.75 1.83
- -0.37 1.42 1.45 1.16 2.05 -1.28 -2.55 - -1.24 0.08 0.47 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
3.9 - - - - - - 0.14 - - - - - - - -
- - 4.0 - - - - - - - - - - - - -
- 1.4 1.34 2.36 -0.28 1.46 0.34 -3.68 - - - -0.38 - - - -
- - - - - - - - - - 4.0 - - - - -
- - 1.97 1.99 1.04 1.4 0.1 -1.47 -2.55 -1.93 -0.3 -0.46 - - - -
3.79 -0.09 - - - - - - - 0.34 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
1.37 2.93 - 2.53 - - - - - - - - - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- 2.83 1.44 - - - - - - - - 1.87 - 1.34 - -
- 3.52 - - 0.09 - - - - - - - - 1.78 - -
- - - - - - - - - - 4.0 - - - - -
- 1.81 -8.89 -8.03 -10.57 -8.55 -5.94 -1.48 1.84 3.09 -8.42 -8.52 - - - -
-3.97 -1.33 -2.85 - -0.28 0.63 0.52 -1.23 - - 2.3 2.62 - - - -3.38
- - - - - 0.36 0.71 1.61 2.99 1.05 - - - - - -
- - 0.82 - - 0.8 3.61 -1.85 - - - - - - - -
-4.79 3.74 - -2.65 -1.85 -2.02 0.07 -2.26 -1.82 -1.35 - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.