1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_26 (Sorghum bicolor HCCA coexpression clusters - Leiboff and Hake (2019))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
stage A1 (Dhaka et al., 2020)
stage A3 (Dhaka et al., 2020)
M-81E strain-control (Sun et al., 2020)
M-81E strain-salt (Sun et al., 2020)
Roma strain-control (Sun et al., 2020)
Roma strain-salt (Sun et al., 2020)
root (Murray et al., 2022)
shoot system (Murray et al., 2022)
119 days old-Postflowering drought stress (Varoquaux et al., 2019)
84 days old-control (Varoquaux et al., 2019)
84 days old-Preflowering drought stress (Varoquaux et al., 2019)
35 days old-control (Varoquaux et al., 2019)
Dev Stage 3 (Leiboff et al., 2019)
Dev Stage 2 (Leiboff et al., 2019)
Dev Stage 1 (Leiboff et al., 2019)
Dev Stage 4 (Leiboff et al., 2019)
- - 1.14 - - - - - - - 2.84 2.73 - - - -
- - 1.97 2.89 - 1.75 -1.7 0.01 - - - - - - - -
-7.84 - 1.49 1.97 1.07 0.95 1.68 -4.58 - - -0.39 0.3 - - - -
- 2.38 3.11 -1.35 -0.57 -1.72 - -0.37 - - - - - - - -
- -9.67 0.21 0.26 0.78 0.88 2.06 -0.42 - - 1.71 0.92 - - - -
- -1.29 -1.0 1.44 2.25 0.23 2.51 -3.23 - - -2.93 -1.03 - - - -
- 3.23 - - - 1.38 - - 2.01 - - - - - - -
-11.2 - 1.74 2.35 1.88 1.81 -5.17 -12.06 - - -2.29 -2.7 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.36 - - 3.44 - -
- - - - - - - - - - 3.05 2.95 - - - -
- - 0.14 0.43 0.83 -0.35 -1.7 -4.24 0.77 1.65 1.29 1.74 - - - -
- - 1.94 0.56 2.1 0.33 2.01 -2.93 - - -1.47 -0.62 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- 0.98 1.95 2.46 1.67 -1.08 -1.72 - -0.47 - - - - - - -
- - -3.58 - -0.13 1.4 -2.25 -0.2 2.71 0.77 1.27 -0.68 - - - -
- 3.78 -2.42 -0.08 - -0.64 - - - - -1.16 - - - - -
1.69 2.47 -1.08 -0.93 1.39 1.69 -5.84 - -3.6 -4.54 -2.18 - - - - -
1.15 3.79 - - - - - - - - - - - - - -
2.56 3.16 - - - - - - -0.33 -1.6 - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.05 2.95 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-9.88 - -7.73 -7.72 - - -10.73 -1.37 3.35 2.43 - - - - - -
-5.49 -4.4 2.31 2.02 1.69 0.87 -1.02 -1.09 -6.46 -6.95 -2.61 -0.45 - -12.7 -10.63 -
-1.44 3.97 - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.27 2.42 0.43 -3.44 0.51 -3.47 - - - 1.54 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
1.9 - - - - - - 3.62 - - - - - - - -
- - - - 4.0 - - - - - - - - - - -
2.97 - - - - - 0.13 0.72 - - 1.48 1.38 - - - -
- - - 3.39 2.46 - - - - - - - - - - -
- - 0.89 - 2.01 2.87 - - 1.5 - - - - - - -
- -2.25 0.72 1.48 2.58 0.48 -0.01 -1.19 -0.8 -0.57 -0.31 -1.02 - - - -
-0.89 -3.63 1.28 0.44 -2.97 -4.14 -3.77 -3.23 2.03 2.52 -0.53 -0.45 - - - -
-2.04 - 3.61 0.52 0.85 -2.41 -5.37 -6.15 -5.93 -6.87 -4.52 -5.94 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- -0.4 1.8 2.56 -0.66 0.19 - -1.13 -0.19 - 0.91 -0.2 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.57 1.33 2.68 - - - - - - - - 0.2 - -
-6.39 3.99 - -5.12 - - - - - - - -4.86 - - - -
- - - 0.37 -3.15 -0.15 3.61 -0.41 - - -1.62 -1.14 - - - -
- - 3.15 1.91 - 1.54 - -1.11 - - - - - - - -
- - - - 4.0 - - - - - - - - - - -
-1.08 - -0.29 -1.28 -0.89 1.94 3.11 -4.26 - - -1.94 -0.05 - - - -
- - 1.22 2.42 1.9 1.16 -1.36 -3.66 -0.46 -0.72 -1.55 -2.16 - - - -
- 3.94 -2.73 - -2.59 -1.77 - -5.37 - - - - - - - -
- - - - 3.26 2.68 - - - - - - - - - -
- - - - 2.55 - 3.34 - - - - - - - - -
- -3.4 2.13 2.22 1.46 1.5 -0.05 - - - -4.35 -1.87 - - - -
- - - 3.58 - 0.76 - -2.46 -0.21 - - 0.36 - - - -
- - - - - 4.0 - - - - - - - - - -
- -0.77 - - - - - 2.06 3.18 1.12 - - - - - -
-1.79 - 2.49 1.69 1.16 2.0 -0.64 - - - - - - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
-6.28 -6.78 -3.33 -2.25 -2.21 -2.53 0.81 0.47 -3.21 -0.52 1.05 3.21 - - - -
-1.24 - 1.39 -1.08 -1.29 -1.44 - - 0.17 3.4 - - - - - -
- -1.66 2.22 2.06 1.51 1.92 -2.23 - - - - - - - - -
- - - - - - - 2.99 - - 3.01 - - - - -
- -3.7 -5.03 - - - -2.7 3.95 - - - -1.85 - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.65 0.09 1.23 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- -9.41 -1.27 -1.52 -0.82 -2.1 -2.17 -5.09 0.7 0.09 1.97 2.92 - - - -
-0.48 1.34 2.67 2.68 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
0.21 - - 1.33 2.13 2.99 - - - - - - - - - -
-1.85 -1.01 -2.07 - 2.38 -0.05 3.11 -2.72 - - - - - - - -
-4.95 0.61 - - - - -3.77 3.78 - -3.45 -1.09 -3.52 - - - -
- - - 3.1 2.89 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.98 - - - - - -4.72 -3.68 -3.62 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
3.33 2.2 -0.61 -2.86 -1.49 -2.23 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- -4.89 -6.36 - -3.91 - -6.03 2.89 -4.79 - 1.48 2.5 - - - -
-0.17 - - - - 3.92 - - - - - - - - - -
- - - - - - - 2.35 - 1.18 - 3.11 - - - -
-0.41 2.16 -1.64 2.15 -0.19 -0.36 - - -1.08 0.3 0.02 0.72 - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
-7.61 -2.55 0.24 0.73 1.11 0.45 0.85 0.02 -0.85 0.98 1.07 1.01 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.27 - - - 2.99 - - - 1.68 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-7.12 - -4.69 -3.35 -3.34 -0.87 -4.62 3.92 - -4.62 - - - - - -
- - -1.34 -0.26 3.67 -1.95 0.1 -1.91 - - - - - -1.12 - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-3.75 3.72 -0.74 -1.54 -0.91 -1.6 -1.02 -6.14 -3.79 -2.71 -4.25 -2.3 - - - -
- -5.09 0.03 2.21 -5.05 -6.22 2.93 -4.18 - - 0.95 -0.73 - -4.36 - -
3.96 - - -3.68 - -1.73 - - - - - - - -3.2 - -
- -0.27 0.8 1.15 2.83 - 0.45 - - - 0.5 0.4 - - - -
- - 4.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.96 -4.48 -2.37 -5.68 - - -2.52 - - - -6.21 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.0 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
3.84 0.08 - - -2.89 -3.01 - - - - - -1.38 - - - -
- - - 4.0 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-9.23 -4.89 0.49 2.24 1.78 0.24 1.66 -3.59 -6.26 -4.09 -0.03 -0.11 - - - -
-9.22 - -2.72 -2.51 -1.45 -2.65 -1.23 -0.71 2.44 2.34 0.98 0.72 - - - -
- - -0.66 0.67 -0.53 1.89 2.57 -1.0 - 0.98 - -0.09 - - - -
- - - 4.0 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.