Heatmap: Cluster_8 (Sorghum bicolor HCCA coexpression clusters - Leiboff and Hake (2019))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
stage A1 (Dhaka et al., 2020)
stage A3 (Dhaka et al., 2020)
M-81E strain-control (Sun et al., 2020)
M-81E strain-salt (Sun et al., 2020)
Roma strain-control (Sun et al., 2020)
Roma strain-salt (Sun et al., 2020)
root (Murray et al., 2022)
shoot system (Murray et al., 2022)
119 days old-Postflowering drought stress (Varoquaux et al., 2019)
84 days old-control (Varoquaux et al., 2019)
84 days old-Preflowering drought stress (Varoquaux et al., 2019)
35 days old-control (Varoquaux et al., 2019)
Dev Stage 3 (Leiboff et al., 2019)
Dev Stage 2 (Leiboff et al., 2019)
Dev Stage 1 (Leiboff et al., 2019)
Dev Stage 4 (Leiboff et al., 2019)
- - - - - - -0.79 2.84 - 0.52 - - - - 2.77 -
3.36 2.23 - - - -1.77 - - - - - - - - -0.44 -
- 2.02 - - - 2.63 0.98 1.92 - - - - - - - -
1.78 - 2.66 - - 2.64 - - - - - - - - - -
- - -3.0 -1.85 -1.65 -1.87 0.62 1.61 1.7 0.5 1.82 1.16 - - - -
- - - - - 4.0 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.0 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.0 - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-5.67 -2.15 2.32 1.8 1.59 1.06 -2.14 -3.91 -2.18 -1.0 -0.86 -0.7 - -12.09 -6.56 -11.12
3.08 2.41 - - -0.07 - - - 0.37 - - - - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
-4.28 3.88 -10.0 -8.99 - -7.23 -8.41 0.32 - - - - - - -9.44 -
1.12 3.76 - - - - - - -2.02 - - - - - - -
-7.59 - 1.83 2.18 2.2 1.27 -0.87 -4.86 - -8.93 -3.12 -2.3 - - - -
- - 1.83 0.58 - - - - - - 1.94 2.83 - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- 2.88 -0.31 1.05 1.62 0.76 - -9.55 - - -0.9 -1.05 - - - -
3.75 - - - - -2.53 - -1.15 -0.92 0.46 - - - - - -
- - 2.38 - 3.43 - - - - - - - - - - -
-8.86 4.0 - - - - - -11.58 -5.31 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
4.0 -6.2 -8.48 -6.72 -9.94 -6.62 -8.15 -9.16 - -9.4 - - - - - -
- - 0.52 1.24 2.6 2.42 -0.58 - - - - -3.43 - - - -
-2.74 -0.92 -1.88 - -1.76 0.42 3.4 - - - - 1.51 - - - -
- 2.27 - - - - - 3.48 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.31 -1.25 -0.91 0.39 -1.54 -0.8 -3.16 -2.26 -0.61 -0.16 -0.95 - - -0.94 -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.2 - - - - - - - - 2.77 - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.0 - -
-8.88 -7.63 2.57 1.46 2.46 0.49 -4.65 -6.2 -6.49 -3.85 -3.49 -2.69 - - - -
- - -4.16 - -2.22 -3.87 3.07 2.07 -0.19 -0.94 -0.0 -0.64 - - - -
1.63 3.61 - - -1.4 - - - - - -1.86 - - - - -
-8.29 - 1.81 1.08 2.38 1.53 0.87 -1.11 - - - - - - - -
- - - - 3.81 - - 0.98 - - - - - - - -
-5.4 - - - - - - - 1.23 3.77 - - - - - -
- - 2.17 3.08 - - - - - - 0.52 0.72 - - - -
- - - - -0.72 - - 2.22 2.3 2.53 - - - - - -
4.0 - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.55 - - 1.26 0.82 - - -4.47 -4.41 - - - -4.24 - -
-7.5 - 1.79 0.23 2.42 -0.42 1.9 -1.27 - - -2.09 -0.24 - -5.86 - -
- - - - - - - 4.0 - - - - - - - -
1.92 - - - - - - - - - - - - 3.61 - -
- - 1.26 1.59 - 2.81 - - 1.83 - - - - - - -
0.14 - - 3.27 2.39 - - - - - - - - - - -
- - -2.16 -1.57 -0.18 -2.52 - - - -3.85 3.24 2.29 - - - -
2.69 - - - 3.25 - - - - - - - - - - -
- - -3.99 - - - - - - - 3.29 2.62 - - - -
- - - - - - - - - - 3.41 2.42 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.0 - - - - - - - - - - - - -
-2.45 -0.72 -2.94 - 2.88 2.73 - - - - - - - -3.13 -0.06 -
- - - - - - - - - - - - - - - -
0.33 - 2.94 2.02 0.02 -0.83 - -1.08 -4.04 -5.3 -1.8 -0.72 - - - -
1.08 1.05 - -7.1 -4.71 -8.47 -6.51 3.11 0.83 0.3 -3.38 -5.88 - - - -
-6.12 - -0.9 0.11 2.17 2.93 -2.03 -4.86 -2.62 -4.34 -0.53 0.11 - - - -
-3.03 - 1.22 2.05 1.01 2.88 - - - - - - - - - -
- - 2.29 1.22 0.84 1.19 2.0 -5.59 - - -3.57 -0.67 - - - -
- - 2.81 3.17 - - - - - - - - - - - -
1.0 2.87 1.12 -0.54 - -0.91 - - -0.87 0.19 - 0.7 - - - -
- - - 2.22 - - - - 3.5 - - - - - - -
- - - - 1.64 2.86 -1.48 -2.48 - - - -0.23 - - 2.08 -
3.51 -2.75 - - 1.08 0.95 - -4.73 - - - -1.42 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- -8.56 -2.56 -1.25 -2.28 -0.72 -2.82 1.01 2.29 2.73 -0.78 -1.5 - - - -
-2.15 - 0.98 - - 0.62 -0.43 2.1 1.24 2.1 - -0.78 - - - -
1.86 - - - - 2.71 - - - - - - - 2.54 - -
- 3.99 - - - -3.87 - - - - - - - -4.01 - -
- -2.54 2.55 1.65 0.51 0.94 -1.03 -0.36 - 0.03 -1.26 -0.36 - - - -
-1.19 2.62 - - - -0.33 - - 3.1 - - - - - - -
- -3.46 -5.15 - -4.8 -2.52 -0.6 2.25 0.56 2.96 -0.52 -1.85 - - -4.85 -
-6.09 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
-8.74 - 1.05 1.15 2.89 0.05 -3.96 -8.26 -7.36 - -0.37 1.23 - - -4.05 -
4.0 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-6.24 -9.26 1.78 1.57 3.04 -0.34 -3.92 -7.48 -7.6 -9.12 -2.23 -1.84 - - - -
- - -4.21 -3.94 - -5.02 -2.0 3.19 1.51 1.8 -3.08 -4.23 - - - -
- -6.2 -0.64 -1.51 2.05 3.35 - -5.53 -4.36 -2.08 -2.53 -2.63 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - -4.69 -6.36 - - - - 2.7 3.24 -5.02 -6.13 - - - -
- - -4.51 -4.67 - - -3.67 -0.36 2.25 3.35 -4.08 -6.77 - - - -
- - -1.59 -0.33 - -1.77 - -2.48 1.6 3.43 -0.81 - - - - -
- -2.87 2.02 2.33 1.49 1.81 -2.6 - - - -2.27 -3.38 - - - -
- - -1.6 -0.87 1.98 2.62 1.85 -5.56 - - -1.23 -0.01 - - - -
- 2.9 -4.24 - - - - -5.89 2.58 1.3 - - - - - -
1.21 - 2.68 - 2.21 - 1.42 - - - - - - - - -
-2.34 - 2.15 2.1 1.92 1.73 - - - - - - - - - -
- - - -0.4 -0.6 - 1.18 2.22 - 0.91 2.53 - - - - -
-3.31 - 0.81 0.34 0.08 1.82 -0.14 1.03 1.61 -0.93 -0.07 -0.55 - - -3.12 -
- -1.97 2.27 2.08 1.21 1.1 1.08 -4.81 - - - -3.76 - - - -
-0.58 -0.33 - 1.52 - 0.16 0.52 - 1.76 - - 0.75 - 2.01 - -
-0.14 - 2.34 2.14 1.1 1.19 - - - - -0.7 -0.8 - - - -
-5.58 - 1.09 2.31 2.17 1.99 -1.63 -5.1 -4.18 - - - - - - -
0.94 - 1.7 - - - - 1.49 - - - - - - 3.0 -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- -3.12 -3.13 - - - -4.13 -0.55 3.14 2.64 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- -0.59 - - - - - 3.51 0.56 1.31 - - - - - -
- -5.86 0.96 0.82 1.88 2.29 -2.66 - -0.47 0.8 -0.47 -1.59 - - - -
-2.96 -3.71 -0.36 1.45 2.27 2.44 -2.03 -4.5 - -0.53 -1.91 -2.6 - -2.35 -1.28 -
-2.88 3.94 -2.61 -2.27 - - -3.28 - - - - - - - - -
- - 4.0 - - - - - - - - - - - - -
- -5.66 - - -1.95 - -2.94 3.96 - -4.43 - - - - - -
-1.96 -4.53 -1.36 0.2 0.58 1.52 - 2.65 -1.36 1.5 -3.26 -2.37 - - - -
- - - - 2.77 - - - - - - 3.2 - - - -
-0.67 -4.23 -4.01 -6.93 0.12 0.39 0.97 0.7 -3.17 -2.24 1.95 2.33 - -7.43 -5.36 -
- - 4.0 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.0 - - - - - - - - - -
- - -2.72 -6.5 -3.25 -2.34 -3.85 -2.0 -1.42 2.73 2.84 0.03 - - - -
-11.01 - -3.43 -6.42 -3.29 -1.99 -3.06 -4.4 -1.11 2.7 2.78 0.63 - - - -
- - -0.87 -1.53 -1.03 0.45 1.01 -2.43 0.45 2.04 1.08 1.8 - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.0 - -
-1.05 0.34 -0.58 -0.25 - - -2.25 -2.65 1.31 0.86 0.08 - -0.67 -0.18 2.3 -0.79
0.08 1.91 0.9 - 1.03 2.86 - - - - - - - - - -
-3.35 - 0.71 -1.79 1.89 2.01 2.28 -5.46 - -4.49 -1.13 -0.24 - - - -
-4.05 - 2.11 1.67 2.27 1.44 -0.46 - - - - -2.68 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - -2.21 -0.87 1.1 -0.24 - 3.3 - - 0.04 -0.65 - - - -0.42
- - - - - - - - - - - 4.0 - - - -
- - 2.21 - - - 0.54 2.63 - - 1.9 - - - - -
- - 2.35 2.02 0.92 2.22 -3.16 -13.45 - - -3.09 -3.55 - - - -
- - - - - 4.0 - - - - - - - - - -
- -5.02 -0.44 2.31 0.33 -0.01 - - - - 2.44 1.38 - - - -
- - -2.44 -2.34 -0.13 -1.57 -4.62 -3.69 0.81 0.58 2.7 2.17 - - - -
- - - - -4.68 -7.64 -6.7 -3.29 1.52 1.47 2.76 1.78 - - - -
4.0 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-0.27 - - - - - - -1.06 0.24 3.76 - - - - - -
- 3.71 - - 0.48 - - - - - 0.59 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.34 - 0.53 - - - 3.29 1.18 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
3.77 -1.93 - -3.4 -4.01 -4.19 - 0.1 -0.78 -2.78 -5.07 -3.59 - - - -
- -3.35 0.37 1.12 0.24 0.07 -1.3 -1.93 -0.9 -1.58 1.92 2.29 - - - -
- - - - - - - - - 1.03 2.07 3.29 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - -1.64 -1.08 1.3 0.65 1.77 -4.29 - - 1.83 2.06 - - - -
- - - 4.0 - - - - - - - - - - - -
-0.77 -1.29 - -3.1 -1.92 -2.18 -4.1 1.72 1.63 2.86 -1.25 -1.89 - - - -
- - 1.03 -0.01 2.85 -0.7 0.75 - - - 1.46 -0.52 - - - -
- - - - - - - -1.13 - - 3.75 1.06 - - - -
- 0.92 0.63 3.65 - - - - - - - - - - - -
- - - -4.77 -6.96 -7.13 -7.76 -6.04 2.78 3.11 -2.19 -2.15 - - - -
2.02 3.58 - - - - - - - - - - - - - -
-8.48 -10.04 1.34 2.18 2.39 1.12 -3.8 -7.4 -9.88 - -0.95 -0.11 - - - -
- -2.44 0.58 1.39 3.07 1.63 -7.35 - - - -3.54 -3.02 - - - -
- - - - - 2.14 - -1.07 - - - - - - 3.47 -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- -1.19 1.55 0.77 1.06 0.52 -0.02 2.0 - -2.5 -0.46 0.6 - - - -
- - 0.07 1.08 0.87 1.59 2.86 -3.33 - - - -0.68 - - - -
-7.56 -7.9 2.14 2.0 1.9 1.76 -6.11 -6.03 -6.74 -4.87 -2.0 -3.22 - - - -
-3.62 2.02 1.42 -0.44 -2.65 -1.22 2.5 - -2.19 - -2.09 0.8 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
3.98 - - - - - -4.07 - - - - - - -2.58 - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
2.82 0.76 2.85 - - - - - - - - - - - - -
- 2.61 - - - - - 3.31 - - - - - - - -
- - - 0.28 - -1.9 -2.53 -0.16 -1.3 3.15 0.97 -2.31 - -1.04 0.03 -1.07
- - 1.3 1.49 1.85 1.85 1.15 -7.6 -3.97 - -2.29 0.04 - - - -
- - - - - - 3.41 1.4 0.44 - - 0.43 - - - -
- - 1.86 -0.05 2.34 -2.32 0.83 -1.64 0.58 -0.54 -0.16 -0.07 - - - -
4.0 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.79 1.1 - - - -
4.0 - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.91 - 3.08 - - - - - - - - - - - -
- 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- - -0.3 - - - - 2.51 2.1 2.16 - - - -0.49 - -
-0.46 - 1.07 0.9 0.76 -1.13 2.63 -1.77 -1.98 -2.92 -0.43 0.26 - -3.0 - -2.24
3.65 -0.75 - - - - - -1.85 - - - -2.06 - - 1.24 -
- 0.75 - - -0.54 - - - -0.09 -0.03 2.82 2.22 - - - -
-0.06 2.06 - 1.51 - - - 0.32 - - -0.15 2.55 - - - -
- - - - - - - - 3.58 2.03 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
4.0 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-1.37 - 2.5 0.37 2.29 1.21 0.37 -7.29 - - -5.11 -2.69 - - - -
- - - - - - - - - - 3.52 2.19 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -
-4.68 -0.75 -2.1 0.28 -1.19 -0.92 -2.26 - 3.03 1.96 -0.59 - - - - -
-0.99 3.79 - - - - -1.87 -5.44 - - - - - -1.97 0.1 -
-8.7 -6.88 0.73 0.72 1.86 1.09 -0.74 -4.03 -2.71 -0.81 1.41 1.53 - - - -
- - 1.42 1.02 0.43 -0.06 0.86 0.81 -0.62 - 1.52 0.92 - - - -
- - - -5.09 - - - -2.29 3.29 2.58 - -4.87 - - - -
- - - 0.93 - 3.15 - - - - - - - - - 2.38
- - - - - - - - - - - - - - - -
-1.61 - 0.74 2.0 0.88 2.07 1.31 -2.15 - - -2.69 0.15 - - - -
2.14 3.54 - - - - - - - - - - - - - -
- 2.4 0.33 -0.55 0.23 0.08 -1.15 - 1.44 0.76 0.53 -1.9 - - - -
- - 2.2 2.6 1.7 0.21 -2.93 -7.32 -3.49 -5.05 -1.1 -2.09 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.