Distribution, Conservation, and Expression of Key Splicing Components in Sugarcane and Other Grasses

Octávio Mazzaro, Diego Mauricio Riaño-Pachón
Oct 28, 2026

This project aims to identify and characterize the gene repertoire associated with the spliceosome, a ribonucleoprotein complex responsible for pre-mRNA processing and transcriptomic diversity through alternative splicing. Using comparative genomics approaches across grass species, the study investigates the conservation, expansion, and retention of spliceosomal genes, with particular emphasis on the genus Saccharum. In addition, gene expression analyses and protein structural modeling are employed to investigate the expression patterns of spliceosomal components and potential structural variation in regulatory protein families, including SR proteins and heterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs).

Poster presented at the Simposio de Pos-Graduandos do CENA
Poster presented at the Simposio de Pos-Graduandos do CENA
Resumo dos objetivos, procedimentos metodológicos e principais resultados da comparação dos loci de snRNAs spliceossomais nas três espécies vegetais
Resumo dos objetivos, procedimentos metodológicos e principais resultados da comparação dos loci de snRNAs spliceossomais nas três espécies vegetais
Comparação do número de loci funcionais e pseudogênicos e da distribuição dos componentes U1, U2, U4, U5 e U6 entre as três espécies
Comparação do número de loci funcionais e pseudogênicos e da distribuição dos componentes U1, U2, U4, U5 e U6 entre as três espécies
Comparação da extensão genômica dos loci de snRNAs, com destaque para a distribuição dos comprimentos de U2 e dos demais componentes nas três espécies
Comparação da extensão genômica dos loci de snRNAs, com destaque para a distribuição dos comprimentos de U2 e dos demais componentes nas três espécies
Distribuição dos loci de snRNAs por cromossomo em A. thaliana, com detalhamento do número de loci de cada componente spliceossomal
Distribuição dos loci de snRNAs por cromossomo em A. thaliana, com detalhamento do número de loci de cada componente spliceossomal
Distribuição dos loci de snRNAs por cromossomo em O. sativa, discriminada entre os componentes U1, U2, U4, U5 e U6
Distribuição dos loci de snRNAs por cromossomo em O. sativa, discriminada entre os componentes U1, U2, U4, U5 e U6
Distribuição dos loci de snRNAs por cromossomo em Z. mays, evidenciando a contribuição de cada componente para o total identificado
Distribuição dos loci de snRNAs por cromossomo em Z. mays, evidenciando a contribuição de cada componente para o total identificado
Comparação da distribuição dos loci de snRNAs nas fitas positiva (+) e negativa (−) do genoma das três espécies vegetais
Comparação da distribuição dos loci de snRNAs nas fitas positiva (+) e negativa (−) do genoma das três espécies vegetais
Comparação do comprimento dos cromossomos nas três espécies, conforme as montagens genômicas de referência utilizadas no estudo
Comparação do comprimento dos cromossomos nas três espécies, conforme as montagens genômicas de referência utilizadas no estudo
Comparação da quantidade e da densidade de loci de snRNAs em relação ao total de genes anotados, acompanhada do repertório funcional de cada componente nas três espécies
Comparação da quantidade e da densidade de loci de snRNAs em relação ao total de genes anotados, acompanhada do repertório funcional de cada componente nas três espécies
Comparação dos loci funcionais por 10 mil genes anotados e da proporção relativa dos componentes U1, U2, U4, U5 e U6 em cada espécie
Comparação dos loci funcionais por 10 mil genes anotados e da proporção relativa dos componentes U1, U2, U4, U5 e U6 em cada espécie

Poster PDF

Octávio Mazzaro
Octávio Mazzaro
Master student - PPG Ciências CENA/USP - Spliceosome components in Sugarcane
Diego Mauricio Riaño-Pachón
Diego Mauricio Riaño-Pachón
Assistant Professor (MS3.2) in Computational, Evolutionary and Sistems Biology

I am a computational biologist/bioinformatician at the University of São Paulo, Campus Luiz de Queiroz (Piracicaba/SP, Brazil).